Skupina postupů pro identifikaci proteinů vazebných míst na DNA. v footprinting stanovení dimethylsulfátu (DMS), například, značený konec fragment DNA je částečně denaturovaný na guanidin zbytky s DMS a pak vystaveni DNA-vazebných proteinů. Materiál je electrophoresed na polyakrylamidovém gelu bez denaturace oddělit fragmenty, které denaturovaný posloupnosti vazby na bílkoviny (a bude nadále závazné) od těch, které jsou pouze jinde denaturovaný a bude méně mobilní kvůli vazby proteinů. Dvou gel kapely jsou pak eluovány a rozštípnut s piperidinu v denaturovaným místech. Srovnání výstřih žebřících z obou přípravků se zobrazí jedinečné kapely methylace a výstřih na rezidua v nezávazné materiálu, které byly zásadní pro vazbu. v ochraně footprinting fragment DNA s a bez vazebných proteinů je vystaven štěpení v oblastech nejsou závazné, např částečné methylace a výstřih piperidinu. Materiál je oddělen na sekvenování gel a žebřík proteinů vazbou přípravy bude zobrazovat mezeru (stopa) v jeho pořadí, kde určitě protein, ve srovnání s žebříkem z 'nahé' DNA. Ochrana footprinting může být použit na neporušené buňky a v porovnání s nahé DNA in vitro jako ovládací prvek. v tom případě, ligandem zprostředkoval PCR slouží k popsat a doplnit požadované oblasti DNA. Jsou jiné metody štěpení v DNase jsem a hydroxylové radikály (OH ).