Zekrom je klasifikovaní Pokémon drak a dinosaurus jako základ. Zekrom je především odstín tmavě šedá, s tmavší skvrny na různých částí jeho těla. Má červené oči (i když v některých scénách lemuje její oči jako mající kosatce bílý a červený Bělima) a malé rohy návaznosti na špičce čenichu, s jeho hlavou, sportovní oblak se světle modré zbarvení. Na jeho krku je černá, plemenné podobné funkce, a na její ramena jsou podobné, větší rysy připomínající zbroj odsazení. Základy křídel mají rovněž takové odsazení a vějířových, zdánlivě plovacími blánami mezi tvar s malým "křídlo spike" na jedné straně. Nižší délka Zekrom zbraní odmoře do blánami mezi, zdánlivě plovacími blánami, poněkud baseballovou rukavici podobné formace, s třemi drápy, tmavě vybarvených rukama na spodní strany. Přední část Zekrom v pase je černá barvy, s jeho břicho a stehna s tenké proužky po své délce. Kolena jsou černé, stejně jako přední částí jeho drápy tři nohy a špičaté podpatky. Zekrom ocas se skládá z velké, kulaté, kuželovitý a bodlinaté formace, přirovnal k elektrickou, s černými vnitřní část a pruhy na špičce vnější části.