Metoda pro separaci molekul využíváním jejich schopnost vázat specificky na jiné molekuly. Existuje několik druhů biologických chromatografie. A biologické molekuly mohou být imobilizované a menší molekuly (ligandem, formy,) na který je vázat může trčet, nebo menší ligandem může znehybněné a makromolekuly u ní zůstal. A variantou je použít jako imobilizované molekuly protilátek a použít ji "zachytávání" jeho antigen: to je často nazýváno imuno-chromatografie. A variace je pseudo-affinity chromatografii, v němž je sloučenina, která je jako biologický ligandem imobilizovaných na pevný materiál, a jsou povinni enzymů a jiných proteinů. Jiné techniky patří kovové chromatografie, kde je kovový iont byly poskytnuty na pevné podložce: kovové ionty vázat pevně a konkrétně k mnoha biomolekul. Kovový iont je vázán na skupinu chelator nebo chelatační činidlo, chemická skupina, která se váže specificky a velmi pevně na kovu.